Lystrup Idrætsforenings samlede ledergruppe består dels af en daglig ledelse, som vælges på Lystrup Idrætsforenings repræsentantskabsmøde, dels af bestyrelsesledere fra de respektive afdelinger i Lystrup Idrætsforening, samt Andelsforeningen Lystrup Idrætscenter.
Bestyrelsesledere i de enkelte afdelinger vælges på de respektive afdelingers generalforsamlinger. Bestyrelseslederen i Andelsforeningen Lystrup Idrætscenter udpeges af Lystrup Idrætsforening.